今敏的第一部導演作品。
霧越未麻，原為偶像歌手，依照經紀事務所的建議轉換跑道當演員，卻因為自我心態的適應不良而產生幻覺。因為發生於己身周遭的連續殺人事件，而懷疑自己殺了人。本片的謎題即為弄清楚未麻究竟是不是殺人兇手。
維基百科上寫道，多重人格症患者的每一個人格都是穩定、發展完整、擁有各別思考模式和記憶的。《藍色恐懼》的故事基礎由此發展。
影片最後浮現出來的真兇是經紀人留美，她的另一人格是「偶像歌手未麻」。經紀人留美無法接受自己一手培養出來的未麻為了做好演員的身份而遭受肉體上的消費與剝削，於是她起了殺機。寫出強暴戲碼的腳本作家、說了一句下個工作要付出更大決心的經紀事務所老闆，皆因此慘死。但連續殺人事件的兇手不只一人。
《藍色恐懼》最有趣的地方在於一部電影裡兩個角色同時都具備雙重人格，而且她們擁有的第二人格還是同一個。
最後一幕是未麻從醫院探望出來，坐在車上對著照後鏡裡的自己說：「我才是真的喔！」常理上這種確認事實的語句只會特定情形下出現，即為懷疑產生、辨認真假之時。霧越未麻當然只有一個，為何需要再次確認呢？最有可能的是人格「偶像歌手未麻」是存在於不同個體身上。而一個進了醫院，另一個坐在車上。
經紀人留美的「偶像歌手未麻」人格產生於電影時間軸開始之前，也是她建立了網站「未麻的部屋」。而霧越未麻在往演員方向發展的時候，產生了嚴重的自我認同障礙，加上網站「未麻的部屋」的誘導，霧越未麻也產生了另一人格「偶像歌手未麻」。但霧越未麻所殺的二人，讓她脫光衣服的攝影師、欲對她性侵害的瘋狂歌迷，則很難清楚判定是她主人格或是第二人格的決定。
霧越未麻在電影裡多次流露出來的迷失，以及她眼中所見的幻覺皆非經紀人留美的第二人格有能力造成的，霧越未麻在性格上的軟弱，讓她自己接受了「偶像歌手未麻」是存在於網站「未麻的部屋」這一荒謬的事實，更進一步將兩者連接，在自己身上也形成了人格「偶像歌手未麻」。雖然各個人格的思考是獨立的，但因為「偶像歌手未麻」人格的基礎是霧越未麻自身，所以這兩個人格並沒有明顯界線，而是非常容易混淆不清彼此跨越的。
對心理的實驗與可能性的探索是《藍色恐懼》最精彩之處。