E = mc² 是《神探伽利略》日劇裡無論任何案件都會出現通解，在電影則是捨去了湯川學在地上進行公式塗鴉的招牌場景。
故事重心擺在犯案方的石神、花岡以及查案方的警察。比起其他同是日劇延伸出來的大螢幕作品，本片不想只是取悅粉絲讓戲劇裡的主角換個大一點豪華一點的地方胡鬧這樣簡單，而是端一個完整結構的故事出來，因此它具有的質感才真正可稱之為電影。
事件表面上肇因於富樫慎二不請自入的張狂需索，但大錯一鑄花岡靖子第一念頭是自首，而非造出不在場證明方便逃罪。即使花岡美里是共犯之一，但她尚未成年，罪應不甚重。更何況其情猶可恕，若檢方可查出此案真正緣由，法官判決留情的程度是可以期待的。然無論事後發展好壞，殺人大罪仍會造成嚴重的社會道德觀感瑕疵，唯有掩蓋一切，花岡母女的生活才能不受影響。
石神哲哉維護花岡母女的決心與自信以及他的想法從何而生，即為本片最惹人落淚的謎底。
石神哲哉人生的轉捩點在於母親的逝世。那段最後的時日裡他必須陪伴在母親身旁，甚至為此離開大學，放下研究工作。由此可知石神表面上看來雖不善交際，但事實則是位重情之人。也許是帶著學究氣息顯得難以接近，又或者他對於教育授業並不擅長，進入了高中教書後在課堂上並不受學生尊重。擁有出色的數學天才的他，這份教職顯然不是一份快樂的工作。再加上至親離去這一重大打擊，石神哲哉會對人生絕望也就因此成為必然。
正當他身處生死之際，剛搬進隔壁成為鄰居的花岡母女，此時恰巧前來按電鈴打招呼。一絲光芒就這樣照進了石神的生活。她們認真對待日常一切顯現出一種生活的正向態度，而這為他所需要的。連花岡母女自己都沒有察覺到她們自然友善舉動是如何改變了石神去看待生命這件事。他想，繼續活著也沒什麼不好的。這是愛情嗎？石神並不特別去尋求解答，但毫無疑問的他將這份情感放在心底了。
數學研究不限定場合只要紙筆，這話就藏著石神的獻身決心以及他的人生。